MiLaboratories برای سرعت بخشیدن به تحقیقات ژنومی ۱۰ میلیون دلار دریافت می‌کند
پیشرفت‌های اخیر در توالی‌یابی DNA و مقادیر وسیع داده‌های ژنومی تولید شده توسط تکنولوژی توالی‌یابی نسل جدید (NGS) به یک فرصت برای استارتاپ‌ها به منظور ساخت نرم‌افزار برای زیست‌شناسان منجر شده است تا بتوانند این داده‌های بزرگ را به راحتی تحلیل کرده و گام بعدی را بردارند. این فناوری می‌تواند در توسعه واکسن‌های جدید، درمان‌های سرطان و غیره کمک کند.
در چهار سال گذشته، MiLaboratories ، یک استارتاپ مستقر در سان‌فرانسیسکو با یک مرکز تحقیق و توسعه در بیلبائو، اسپانیا، در حال ساخت یک پلتفرم زیست‌شناسی محاسباتی بوده است تا پردازش، تحلیل و تجمیع داده‌ها را برای زیست‌شناسان آسان‌تر کند. این پلتفرم ویژگی‌هایی مانند دیداری‌سازی داده‌ها و هوش مصنوعی مولدی را برای افزایش قابلیت استفاده شامل می‌شود.
این پلتفرم همچنین به عنوان یک بازار برای سایر دانشمندان طراحی شده است تا بتوانند ابزارهای محاسباتی تخصصی‌تر را به صورت برنامه‌ها توزیع کنند و کاربرد پلتفرم را برای جامعه پژوهشی ژنومی افزایش دهند. MiLaboratories دانشمندانی را هدف قرار داده است که مهارت‌های آن‌ها شامل زیست‌شناسی، علوم کامپیوتر و ریاضی می‌شود — معروف به زیست‌اطلاع‌رسانان.
استن پوسلافسکی، مدیرعامل MiLaboratories، به TechCrunch می‌گوید: “این یک رویکرد بدون کدنویسی برای زیست‌شناسان و ما همچنین یک SDK — کیت توسعه نرم‌افزار [منبع باز] منتشر می‌کنیم — که به زیست‌اطلاع‌رسانان اجازه می‌دهد برنامه‌های واقعی بسازند.”
او توضیح می‌دهد: “در طول کار علمی من و بنیانگذاران ما، شاهد یک ناکارآمدی بزرگ در نحوه توسعه درمان‌های مدرن و داروهای مدرن بودیم. به دلیل این اصطکاک بین داده‌ها — داده‌های بزرگ که توسط زیست‌شناسان و داده‌های توالی‌یابی تولید می‌شود — و تحلیل داده که برای آن‌ها در دسترس نیست وجود دارد.”
در حالی که “هزاران” برنامه نرم‌افزاری و ابزارهایی وجود دارد که می‌توانند تحلیل داده‌های NGS را انجام دهند، او می‌گوید بیشتر آن‌ها در دانشگاه توسعه یافته‌اند، جایی که تمرکز بیشتر بر روی کاربرد است تا قابلیت استفاده.
او می‌گوید: “چیزی که بیولوژیست‌ها نیاز دارند این است که نتایج را از چندین تحلیل جمع‌بندی و یکپارچه کنند. در یک تصویر واحد که به شما امکان می‌دهد بفهمید چه چیزی در حال وقوع است. همین جایی است که پلتفرم ما کمک زیادی می‌کند.”
استارتاپ امیدوار است که پلتفرمش بتواند زیست‌اطلاع‌رسانان را از کار سخت پردازش داده‌های ژنومی آزاد کند تا این دانشمندان چندرشته‌ای بتوانند مجموعه مهارت‌های خود را به کار روی وظایف پیچیده‌تر ساخت الگوریتم‌هایی که می‌توانند به پیشرفت علم پیشرفته کمک کنند، اختصاص دهند.
پوسلافسکی می‌گوید: “زیست‌اطلاع‌رسانان در واقع وقت زیادی را صرف انجام کارهایی شبیه به کاری که میمون‌ها انجام می‌دهند، می‌گذارند و برای زیست‌شناسان نرم‌افزار را اجرا می‌کنند.” او می‌گوید: “برای پردازش این داده‌ها، نیاز دارید به ماشین‌های لینوکس دسترسی داشته باشید، از طریق SSH بروید، ابزارهای نرم‌افزار پیچیده را اجرا کنید تا تحلیل‌ها انجام شوند و اطلاعات از داده‌ها استخراج شود.”
“[یک پزشک] مهارت‌هایی برای انجام این کار در لینوکس، در خوشه HPC [محاسبات عملکرد بالا] ندارد، زیرا سایر کارهایی برای انجام دارد. و این همان چیزی است که بیشتر زیست‌اطلاع‌رسانان در شرکت‌ها و دانشگاه در حال انجام هستند، در واقع، فقط این کار ماهانه اجرای ابزارها.”
روز پنجشنبه، MiLaboratories به صورت رسمی SDK خود، Platforma.bio ، که به توسعه‌دهندگان شخص ثالث امکان می‌دهد برنامه‌های خود را مشارکت کنند — اگرچه این برنامه چندین سال در حال آزمایش آلفا و بتا بوده است. (پوسلافسکی می‌گوید “حدود ۳۰۰ آزمایشگاه” در حال استفاده از نسخه بتا بوده و “حدود ۲۰” برنامه از طریق این پلتفرم تاکنون موجود شده است.)
او افزود: “اولین برنامه‌هایی که در پلتفرم موجود هستند، حول برنامه‌های بیو ... (Continue in similar manner for remaining content)
